„Miłość i służba nadają sens naszemu życiu”.
Jan Paweł II1 września 1990 roku na podstawie decyzji Kuratora Oświaty i Wychowania została założona Szkoła Podstawowa w Kleosinie z klasami I - III. Do wydania decyzji przyczynił się wielki zapał i aktywność wieloletniej pracowniczki oświaty – Heleny Popławskiej, którą powołano na stanowisko dyrektora placówki. Początkowo szkoła funkcjonowała w budynku zastępczym – stołówce Peberolu.
Trzy lata później władze gminy, kuratorium oraz mieszkańcy Kleosina zaangażowali się w budowę nowego budynku szkoły, a całym przedsięwzięciem kierował Społeczny Komitet Budowy Szkoły w Kleosinie. 10 października 1993 roku dokonano wmurowania kamienia węgielnego pod budowę szkoły i podpisania aktu erekcyjnego.
1 września 1995 roku decyzją Kuratora Oświaty w Białymstoku zmieniono strukturę organizacyjną Szkoły Podstawowej w Kleosinie poprzez podwyższenie stopnia organizacyjnego z klas I – III do I – VIII. Otwarcie nowej szkoły nastąpiło 15 lutego 1996 roku. Pierwszego wicedyrektora placówki powołano we wrześniu 1997 roku. Stanowisko to objęła Urszula Oksztulska. Funkcję dyrektora pełniła niezmiennie Helena Popławska. Rok później szkole nadano imię Jana Pawła II.
W ramach reformy edukacji w 1999 roku założono Gimnazjum w Kleosinie, a dyrektorem Szkoły Podstawowej i Gimnazjum została Teresa Zarzecka. W związku z zachodzącymi zmianami i zwiększającą się liczbą uczniów podjęto decyzję o budowie sali gimnastycznej, którą oddano do użytku 29 kwietnia 2001 roku. Wraz z rozpoczęciem nowego roku szkolnego w ramach zmiany organizacji Szkoły Podstawowej i Gimnazjum utworzono Zespół Szkół w Kleosinie. Funkcję dyrektora tej placówki powierzono Teresie Zarzeckiej, wicedyrektorów zaś Urszuli Oksztulskiej i Grażynie Smoczek. Kilka dni później nastąpiło uroczyste otwarcie biblioteki szkolnej. Kolejnym krokiem związanym ze zmianami organizacyjnymi było przeniesienie imienia Jana Pawła II na Zespół Szkół w Kleosinie, którego dokonano 16 października 2003 roku.
1 września 2006 roku stanowisko dyrektora objęła Bożena Nienałtowska. Wicedyrektorami zostały Ewa Toczyńska i Barbara Rezanow. Pod koniec 2006 roku teren szkoły został wzbogacony o nowe boisko wielofunkcyjne.
1 września 2011 roku powołano nowego dyrektora szkoły Marcina Hoduna oraz wicedyrektorów – Grażynę Rutkowską oraz Barbarę Mazurek. W 2013 roku na zagospodarowanym terenie szkoły powstał plac zabaw dla dzieci, tereny rekreacyjne oraz parking.
Z dniem 1 września 2019 roku w wyniku reformy ustroju szkolnego zostało zlikwidowane gimnazjum i powstała ośmioletnia Szkoła Podstawowa im. Jana Pawła II. Kolejna zmiana nastąpiła trzy lata później – 1 września 2022 roku kiedy to utworzono Zespół Szkół w Kleosinie, w skład którego weszła Szkoła Podstawowa im. Jana Pawła II i Przedszkole w Kleosinie. Stanowisko nowego wicedyrektora z ramienia Przedszkola objęła Małgorzata Bańkowska.
We wrześniu 2023 roku wicedyrektorem została Kinga Szatałowicz-Gąsowska.